The University of British Columbia

Objet publié

Le pourridié est une maladie complexe qui laisse planer une sérieuse menace sur la culture du pois et de la lentille dans les Prairies canadiennes, car le pois n’affiche guère de résistance génétique à la maladie et il n’existe pas de fongicide pour combattre efficacement cette dernière. C’est pourquoi les producteurs réclament au plus vite de nouvelles méthodes pour lutter contre le pourridié. Le microbiome des racines du pois comprend des microorganismes capables de détruire les champignons et les oomycètes pathogènes, y compris ceux à l’origine du pourridié. Le projet déterminera les facteurs génétiques végétaux et microbiens qui incitent les microorganismes bénéfiques à rendre le pois plus résistant au pourridié. Le laboratoire Haney de l’Université de la Colombie-Britannique étudie les interactions de Pseudomonas fluorescens avec la plante sous l’angle de la génétique et de la génomique. Cette bactérie bénéfique servira de modèle aux microbes bénéfiques de la rhizosphère dans le cadre du projet. Le laboratoire Haney recueille aussi des centaines d’isolats issus du séquençage du génome de P. fluorescens, dont beaucoup affichent une activité antifongique. On commencera par utiliser ces isolats au moyen d’une technique de phénotypage à haut débit combinée à une filière bien établie de génomique, transcriptomique et métabolomiques comparatives, ce qui permettra d’identifier les souches, les gènes et les mécanismes permettant à Pseudomonas de détruire les agents pathogènes du pourridié. Pour déterminer les gènes de la plante qui recrutent les P. fluorescens bénéfiques, on passera au crible les génotypes du pois qui figurent sur une carte d’association procurée par le collaborateur du CNRC. Les données recueillies serviront à une étude d’association du génome entier ou à la création d’une carte classique sur laquelle apparaîtront les facteurs génétiques du pois qui séduisent les souches bénéfiques de P. fluorescens. L’objectif est de trouver des souches bactériennes ou des locus génétiques qui lutteront contre les agents pathogènes à l’origine du pourridié ainsi que des cultivars du pois, des gènes ou des marqueurs génétiques associés aux microbiomes qui s’en prennent à la maladie. Ces travaux ouvriront la voie à la sélection de variétés qui hébergeront une population abondante de microorganismes bénéfiques, ainsi qu’à l’usage de ces derniers pour lutter contre la maladie au champ.